山东军又大举南下的危急关头，弘光帝发出了“上游急，则赴上游；敌急。则御敌”的旨意。不过这样的旨意，完全就是头痛医头、脚痛医脚，处于一种被动局面。
弘光君臣其实都明白：无论集中兵力对付任何一方，南京都有陷落的危险。因此。他们暗中已作了拥兵出逃的准备。
而当扬州失守。史可法殉难的消息传到南京，弘光朝廷顿时陷入一片惊惶失措之中，朱由崧等人开初还对长江天险寄于希望。可是在闰六月十一日，迟明的东路南征军进抵长江北岸，十九日，迟明命南明降将张天禄等部，于黎明时分在瓜州以西十五里处乘船渡江，在金山击败南明防江水师郑鸿逵军。随即登上南岸，占领镇江。后续东路征南军先后渡江。
闰六月二十日，弘光帝仅同内阁大学士和少数宦官商议后，连朝廷其他公卿大臣也不告知，更不作任何部署，就在凌晨离城出逃。
天亮以后，南京城内的官绅军民听说皇帝和首席大学士已经逃走，立即乱成一团。一些官绅拥入狱中，把自称“崇祯太子”的少年请出来登武英殿即位，年号仍称崇祯十七年。然而，南京守备勋臣忻城伯赵之龙为首的勋戚大臣却决定降平，派人前往大平军营接洽。
二十日午后，大平军先锋数十骑直抵洪武门外，忻城伯赵之龙、保国公朱国弼赍降表由城墙上缒下往清营接洽投降事宜。
二十一日，迟明率东路征南军主力进至南京城外，赵之龙、朱国弼同魏国公徐久爵、隆平侯张拱日、大学士王铎、蔡奕琛、兵部尚书阮大铖、礼部尚书钱谦益、左都御史李沾、司礼监秉笔太监卢九德等三十余名高官显贵大开城门，出迎于郊。在大平军进城搜索警戒后，多铎于二十三日进入南京。金陵城落入到了大平朝手中。
在上文已介绍，按明朝永乐以后的两京制度：在南京掌握实权的三个人是南京兵部尚书、守备南京勋臣、镇守南京太监；其他勋臣和六部、都察院大臣不过虚有其名。
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