关于大辩论的奏疏是十一月二十曰呈上去的，但深宫中的万历皇帝久久未批复，就在大臣们以为那些奏疏又要留中时，腊月十六，诏旨下，万历皇帝下令将南京教案中的王丰肃、谢务禄这两位传教士押往澳门，不许再入大明传教，教徒中聚众闹事的首犯钟鸣礼、张寀二人充军发落，封锁正阳门教堂，其余教士和教众则不予追究；大统历屡出舛误，礼部与钦天监要尽快着手修历，暂不引用西洋历法；翰林院可以开设译书局，翻译西洋历算、地理、医药、农田、水利书籍，以广眼界，以正缺失——皇帝还有专门的谕旨给方从哲、吴道南这两位阁臣，说阁臣点检题奏、票拟批答、平允庶政，乃是为皇帝代劳分忧，必得和睦共济，以国事为重，以后上呈的奏章必须经由首辅签署，其余阁臣有异议可附拟于后。
万历皇帝当然不允许方从哲辞职，但吴道南也是他看重的，内阁现在就只有这两个大臣，若赶走了吴道南，吏部少不了又要会推阁臣，争得不可开交是肯定的，这与万历皇帝“无为而治”相悖，万历皇帝只想维持现状。
对于方从哲而言，皇帝重申首辅的职权存了他颜面，但吴道南也没有因此被夺权，依旧能对首辅的票拟持异议，明代内阁与前朝的宰相制度差别很大，内阁没有决策权和行政执行权，只是一个议政机构，而且万历当政后内阁权力更见萎缩，前首辅叶向首就曾说“设立阁臣，不过文学侍从，其重亦止于票拟，委任权力与前代之宰相绝不相同，以无权之官而欲作有权之事，以有权之事而必责于无权之官，此从来阁臣之所以无完名也。”所以说在内阁权力衰落之际，首辅与次辅的职权差别不大，一切事务还都要皇帝来定夺——万历皇帝没有应沈榷之请而宣布禁绝天主教，也没有应徐光启之请援引西洋历法修改大统历，这是万历皇帝一贯对付外臣纷争的办法，沈榷如愿驱逐了王丰肃等人，但并没有能禁绝天主教，徐光启如愿开设译局，但引进西洋历法修改大统历的目的却没有达到，大辩论声
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