，听从朱由检之言，开始切切实实地做起眼前的实务来。
史可法虽是司礼监秉笔太监但也是大元帅府总装备处主任，因而他便开始统计此次清军多铎部南下以来军械马匹钱粮消耗和缴获各类军械马匹钱粮数据。
王承恩作为东厂提督，自然则开始审讯趁着清军南下时趁机作乱的宵小之徒，并负责押解多铎等要犯进京待审。
马士英作为兵部尚书又是大元帅府参谋部总长，便开始调集各地卫所兵收复河南、南直隶北部等失地，而山东北部，则令近卫军第一兵团驰援济南，同朱昭明、倪元璐一起收复山东北部失地，控制山东半岛在大明手里。
周遇吉作为大元帅府陆军部总长则开始统计近卫军此战伤亡情况和敌军伤亡情况，对死亡之官兵进行抚恤，进行集体安葬，对伤亡官兵则合同兵部吏部下派地方卫所或者各地官府任职和提供相应补贴等。
刘芳亮作为大元帅府总训练处主任则负责集合余下尚健全之近卫军进行休整训练，预备招募新兵并联合李邦华进行新兵训练纲领修订。
而李明睿作为淮扬总督，自然则负责恢复淮扬地带的生产秩序，重新统计无主田亩与分地于民。
凤阳巡抚陈子壮则负责凤阳一带的生产恢复。
因河南总督吕大器阵亡，朱由检便直接调大学士路振飞总督河南兼总兵官，准备抚谕河南流民回乡，重新划分河南土地，朱由检且已允诺，昔日周王、福王等河南藩王之地全部重新划分于民，以偿民困，以感河南百姓养两王之恩。
而在城外战场处理完毕后，大元帅府各督抚官员悉皆调派完毕后，扬州也重新开城，各地关卡正式恢复通行，一场大战正式宣告结束。
不过在这时候，战损数据也统计了出来，近卫军步兵伤亡一万五千余人，骑兵伤亡六千余人，炮兵伤亡三十来人，其基层军官伤亡约在三千人左右，而清军近十万铁骑除多铎等首脑人物被俘待审外，全部歼
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