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在22世纪，联邦的主要对手是罗慕伦帝国，而到了23世纪联邦的主要对手则成了克林贡帝国。
克林贡帝国与联邦第一次的接触发生在2218年，这一次接触很不愉快，此次不幸的事件导致两国敌对达近一个世纪之久。2237年克林贡与联邦的交涉几近破裂。克林贡帝国向联邦发出最后通牒，若联邦不从双方皆宣称为自己领域的地区撤退，克林贡将对联邦宣战，两国从而开始了武装对峙状态。
一切便从此开始。
面对很有可能爆发的战争，一部分人开始积极备战。这些人中，以联邦星际舰队亚历山大·马库斯上将最为积极。
瓦肯人的母星瓦肯星，被来自未来的罗姆兰帝国的采矿船纳兰达号船长尼禄，运用一个世纪后的未来武器所摧毁，这导致瓦肯全球60多亿人死亡，只有1000多人幸存。在瓦肯星被毁后，联邦星际舰队加大了对太空中遥远星区的探索，亚历山大·马库斯上将的心腹手下发现了一艘漂浮在太空的古旧飞船，飞船内有着数十个在冰冻仓中低温休眠的人类，其中有七十三人存活。
亚历山大·马库斯上将有着31区作为后盾，这是一个不被官方承认，类似于秘密警察组织的情报与防卫组织。亚历山大·马库斯上将很快就知晓了这些人的来历，这些人是基因改造人，源自三百年前地球爆发的优生战争。
优生战争（EugenicsWars）是1992年至1996年在地球发生的一系列战争。科学家为了改良人类通过优生和基因改造等方法，制造出了一批‘超人’，他们拥有更好的身体素质和更高的智能，可随之而来的还有更大的野心。
当时世界上大部分地区都被基因改造人统治着，所有基
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