1859年2月4日，帝国陆军第12军在帝国陆军第15军第74旅的配合下，攻下了仙台。尊王攘夷派的主要头目之一的西乡隆盛战败之后选择了剖腹自尽。这一战，预示着整个日本叛乱被彻底的被终结了。虽然在日本各地叛乱还在持续，但那已经是最好的挣扎了。帝国*军队一路推进下去，估计要不了多久就能够将全日本的叛乱全部剿灭了。
至于尊王攘夷派的其他首脑，在仙台陷落之前就已经纷纷逃走了。他们企图承渔船出海，然后和德国商船汇合，逃离日本，前往欧洲。只不过，在帝国海军的拦截下，只有极少数人成功的逃走。包括尊王攘夷派的魁首横井小楠都被抓住了。木户孝允和大久保利通两人则幸运一点，成功的逃离了。同时，他们还带走了一个叫做睦仁的小孩。
日本叛乱被剿灭，帝国在日本大肆的屠戮反抗者。所有参加叛乱，并且拒不投降的人，通通都被打死。只有那些望风而降的人，才留下了一条命。并且，在帝国驻日本总督府的要求下，各地的政府也开始搜捕那些参加过叛乱的人，帝国这一次是铁了心要把日本的不稳定因素全部解决掉了。
帝国这一次在日本杀的可谓是血流成河，不少人的日本人被杀死。同时，被关进战俘营内的人更多，足足有数百万。这些日本人，让他们继续留在日本的话，也是一个祸害。如果全部杀了的话，那未免太残忍了。所以，帝国已经用商船和运输船开始将这些俘虏运回国内了。各地的矿山或者建筑工地，也都做好了接收这些日本人的准备。这些日本人在工地上，将干一辈子。一直到死，来为他们的所作所为赎罪。
到了3月份的时候，日本的叛乱几乎就被平息了。虽然。这一次的叛乱让帝国付出了不小的代价，但总体而言。对帝国还是有好处的。免费获得了几百万的劳动力，可以使得帝国的基础设施建设和采掘业获得极大的发展。另外，一个稳定的日本，更是让帝国少了很多威胁。日本在这个时候叛乱，
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