岛设有一个澎湖巡检司来管理小琉球岛的事务，
故而，倭寇就改变了先前的战略，将小琉球岛作为侵扰大明的跳板，先在小琉球岛上停留静待时机，一旦发现沿海卫所明军松懈就以迅雷不及掩耳之势对沿海地区进行劫掠。
由于小琉球岛有充足的粮食供应，可以任由倭寇长久居住，而澎湖巡检司实力有限对盘踞在岛上的倭寇鞭长莫及，故而小琉球岛逐渐就成了倭寇的海上大本营。
根据当时闵浙巡抚汤和的奏报，倭寇每次侵扰福建、广东地区时必然会去小琉球岛补充淡水粮食，而小琉球岛兵少势孤又兼移民众多不易管理，着实成了倭寇的天堂。
本来，明太祖并没有想要将小琉球岛上的居民都撤到沿海地区，不过洪武十九年七月，倭寇以小琉球岛为基地在福建沿海盘旋一个多月，相继抢掠了漳州、泉州、福州、兴化和厦门等地，最后满载而归。
明太祖为此大发雷霆，破口大骂当时的闵浙巡抚汤和：“开国功臣，竟奈何不得区区倭奴！”汤和很无奈直言都是小琉球岛惹的祸。
考虑到大明沿海的海防卫所已经无法有效对付倭寇，明太祖就想到了一个极端的办法，把小琉球岛上的居民统统迁往内陆来，文武大臣对此纷纷赞同，即便是有人有异议又有谁敢反对明太祖？
当时新科探花黄子澄就认为小琉球岛汉夷杂居，孤悬海外，守着它耗费钱粮还不如把那里的居民迁到大陆，这样一来倭寇就没了立身之本。
于是，洪武二十年明太祖下旨撤销澎湖巡检司并令小琉球岛上的居民尽快迁居大陆，不要给倭寇留下一粒粮食。
小琉球岛上的汉族居民积极响应明太祖的政策，纷纷烧掉房屋，毁掉粮食，然后迁往大陆，不过当地的土著居民却反应冷淡，毕竟小琉球岛是他们的家乡。
再加上小琉球岛对澎湖巡检司来说实在是太大了，所统治的地区有限，无法把明太祖的这道迁移内陆的旨意送
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