郭铭等人回去后，第二天就开始整顿军纪。
他们根据应天府等衙门的证据将外出时违法的人都抓了起来，普通士兵被扣饷的扣饷，打板子的打板子；武将们大多贬职，被降了、废除世袭职位的也有几个。罪该流放的倒是没有，该流放的罪名那可都是重罪，郭铭他们之前也不敢包庇。
但允仍然不太满意，对郭铭等人说道：“太轻！处罚的太轻！罪过最重的人踢出上直卫，贬到其它的京卫中去。缺额从其它的京卫中提拔人进来。”
“陛下，这样是不是处罚的太重了？”常继宗说道。现在也只有他敢说话了。
“上直卫就是朕的禁军，既然朕给了他们全军最好的待遇，他们就要有能与之匹配的表现。朕要求他们打仗必须是全军最厉害的，军纪也必须是全军最好的，所以朕的处罚一点儿也不重。”允说道。
他们不敢再说，回去后依照允的吩咐进行处置。
这顿时引起哗然一片。上直卫的人大多有些关系，知道这次整顿军纪是陛下要求，所以即使有人不高兴也不敢有什么动作。
可当有人将会被贬到其它京卫时他们不淡定了，找关系试图阻止，还有皇宫的侍卫向允求情。
向允求情的侍卫被他当场下令废除侍卫之职，全家贬出上直卫；并且允要求郭铭等人必须马上完成他的命令。
郭铭等人又以不服从军令为由处置了一些人，才将他们压下去，完成了允的命令。但上直卫却仍有人心怀不满。
允自然也知道他们不满，又采取种种安抚的手段，比如马上开始的‘军人观戏曲’活动，比如将表现良好的士兵赐予虚衔，来安抚他们。
与此同时，应天府的衙门也开始对上直卫转过来的警察进行清查，将近三成的警察被清退，还有些人全家被流放。
至于这些警察的缺额，则全部从其他京卫中调人进入，大多是残疾人，也有一小部分健全的人。
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