有了其他乐器用的工尺谱，而古琴不标旋律节奏一大重要原因是古琴的吟猱绰注方法太过丰富多变，难以记录，在乐曲的应用主要靠师生耳传面授和自我领悟。不过现代一般采取减字谱和五线谱或者简谱双重标记)，所以很多曲目都需要演奏者运用自身的理解和个人的内涵与技术来个性化地演绎，所以古琴弹奏具有个性化和自由化的特点，同一个琴谱同一首曲可以衍生出多重弹奏版本。
而近代时局动荡，很多古琴曲的具体弹奏方法随着琴家的流失而失传，到了建国后很多曲目只存纸谱而无人弹奏，所以世纪后半叶直到现在的很多琴家都埋头于打谱事业(即给减字谱创造赋予一套旋律和节奏等具体演奏方法，以成为通行版本供大家学习弹奏)。这个工作十分浩大，一首曲子需要打谱者对传统音乐深刻的感悟和体会，也需要深厚的技术实力和化积淀，也需要创造力，总之很考验一个琴家的综合素养。
这方面，林宝卿自己其实是最有发言权的，她古琴世家，家里长辈都是古琴大师，有次遇到一个琴家用正调给一个乐曲打谱，结果十分别扭，改了好多音才勉强完成，而她家长辈听了后，用另一种调式试了试，结果十分流畅自然，于是有些不客气地说那位琴家是在“自己创造曲子”。这足以说明打谱之不易。
而直到现在，大家常弹的曲目还是只有那么二三十首，有很多没打谱或者打完谱而不受欢迎的曲子(一个典型例子《幽兰》)，也有很多曲目打谱众多，莫衷一是(如《广陵散》)。
另外对于节奏问题，民乐有一种散板是西乐里没有的，是不拘泥于固定的节拍，按照演奏者对乐曲的理解自由发挥（但不是随便乱弹），可能很多学生会感到十分不适应，而且古琴曲节奏常常变化，有是一段要变好几次，再加有些琴家（包括一些大师）的节奏感也不是很好（可能他们不怎么重视吧，但节奏感差这点在业界内也是受反对的），再加有些打谱不尽如人意，有可能让人感觉节拍是乱
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