研发和试验，对现有兵备进行改良。幕府研发司司丞杨立本留任兵部研发司司丞。
户部：掌管大明民政，刘君韬将户部原本掌管的大明财权从户部拿了出来，将户部变成只管民政的清水衙门。
仿照幕府民部的屯田司设立物资司，掌管大明各地的民屯事宜，以及大明各地的府库、各种物资的储备、调运，并且的对大明各地的物价进行平抑。幕府屯田司司丞张睿留用物资司司丞。
设立户籍司，掌管大明各地民户资料，并且重新编写鱼鳞黄册，以后每隔十年重新审定一次，作为大明征收赋税、征发徭役的凭证。幕府户籍司司丞许珐留任户籍司司丞。
刑部：负责大明各地的缉拿、治安，刘君韬将原先刑部的审判权拿出来，将刑部变成后世的公安机构。
刘君韬在刑部下面设立：
治安司，主管大明各地的民间治安维持，在各地设立公安府衙，建立县、府、省三级，幕府治安司司丞陈瑜留用司丞，原幕府缉拿司司丞牛杰出任副司丞；
案牍司：负责保存大明所有的审讯、办案资料等要件，原幕府案牍司司丞黄泽天留任司丞；
剑锋司：负责统领一支特种兵马，专门应对大明各地的悍匪、豪强，原幕府剑锋司司丞徐兆会留任司丞。
吏部：负责大明各级官吏的选拔、使用、调任、考核等事物，相当于后世的组织部。刘君韬提名幕府中枢部部长蓝思齐出任吏部副尚书。
礼部：负责大明外交事宜，以及国家大典的承办。刘君韬将原太常寺、鸿胪寺、光禄寺全部合并进礼部之中，精简人员、节省朝廷开支。
工部：掌管大明国家工程建设，以及各项新发明、新技术、新设备的研发和推广。同时刘君韬将幕府商部中的将作司并入工部，将作司司丞马立军留任。
对大明原六部的改制的基础上，刘君韬还增加了不少的新机构：
增加财政部：对
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