长崎行都司，设有正五品海防千户两名，从五品副千户四名，正六品镇抚使八名，下辖二十四个百户所，二十个海防巡检，算上杂流（能当杂流都是精兵）共计三千人，五桅过洋船两艘，三桅马船二十艘，战座船五十艘，水翼帆船二十四条，钻风船若干。
长崎行都司是超规格的编制，颇有点类似于之前未曾建省的辽东都司，李成梁和他的客兵，其实按照这个规模，已经是逼近总督府级别了，长崎总督府也就三千牙兵而已。
在海贼禁止令和长崎行都司之外，就是关于货物禁止清单，大明海防巡检一切禁止贩售货物，在倭国一体推行，同样倭国所有港口，都要设立都饷馆、海防巡检用来缉私稽税，这一条得大明亲自去实现了，织田信长连大阪湾都输给了毛利家，这都需要大明水师用武力亲自去开辟了。
第四项则是织田信长以安土幕府下令，承认长崎总督府的合法性，这份合法性除了织田信长这个征夷大将军、关白大夫签字之外，还要倭国的天皇用印。
第五项则是割让堺市，堺市是倭国大阪湾现在最繁华的港口，是大阪商贸中心，整个堺市都成为大明的领地，隶属于长崎总督府的一块飞地，作为守御千户所的驻地以及在倭海防巡检的老巢。
第六项为助军旅之费，每年安土幕府应该提供三十万两白银，作为长崎行都司的军旅之费。
这个条约围绕着海贼禁止令展开，所以也被称之为《禁止海贼条约》，完全围绕减少倭患展开。
这笔银子是朱翊钧为长崎行都司的军兵们要的，海防巡检跑去‘伺候’倭人，‘保护’倭人，受了这么大的委屈，朱翊钧只能用真金白银去奖赏他们，倭国这三十万银的助军旅之费是额外的收入。
海权和海关这两个十分宽泛的范围，在这六项面前，变得具体了起来，这也是朱翊钧之前下章长崎总督府的细则，织田信长面对如此苛刻的条约，想要将前五项折算为七十万
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